目前，國內外常用的淀粉廢水處理方法有沉淀分離法、化學絮凝法、單純曝氣法、生物處理法（包括活性污泥法、厭氧生物法、生物膜法、生物塘法等）、光合細菌法等。
1 淀粉分離法
淀粉不溶于冷水，可以直接通過物理沉淀使廢水中懸浮物沉淀下來，一般使用沉淀池或沉淀塘。當池中發生厭氧反應時，產生的有機酸使廢水pH值下降，使得廢水中處于膠體狀態的蛋白質形成絮凝體沉淀下來，從而提高分離效率。
2 化學絮凝法
單純利用沉淀分離法，雖然對SS具有較高的去除率，但對BOD的去除率較低。采用化學絮凝法，可破壞膠體的穩定性，使分散狀態的有機物脫穩凝聚，形成礬花從水中分離出來。化學絮凝法比物理沉淀法去除效果更好，處理時間短。
3 單純曝氣法
單純曝氣法是指用空氣或含臭氧的空氣對廢水進行短時間的曝氣，通過空氣氧化、臭氧氧化以及對揮發物質的吹脫從而取得凈化效果，但是一般不單獨使用。
4 生物處理法
淀粉生產廢水屬于高濃度有機廢水，不含有毒物質，可生化性好，因此，國內外常用的淀粉廢水處理方法是生物法。
（1）   厭氧生物法 在淀粉廢水處理中，應用最多的是上流式厭氧污泥床（UASB）工藝，它的特點是利用微生物群體本身的絮凝性能，在厭氧反應器內形成顆粒化污泥，保持高濃度微生物量，并以告訴甲烷發酵的形式處理淀粉廢水中的有機物。該法具有能耗低，剩余污泥量少等優點，UASB工藝或改進的UASB工藝對淀粉廢水處理效果較好，COD去除率能達到90%以上。淀粉廢水處理也可以采用厭氧接觸消化法，厭氧接觸消化法屬于第二代厭氧消化技術，由于采用將消化污泥回流至消化器的措施，可保持消化設施內較高濃度的生物量，從而提高了消化器的容積負荷，與上流式厭氧污泥床、厭氧濾床相比，厭氧接觸消化法雖然負荷較低，但運行可靠，啟動時間短。
（2）   好氧生物法  淀粉廢水常用的好氧處理工藝有傳統的活性污泥法、SBR、接觸氧化法等。
5 光合細菌法
利用光合細菌（photosynthetic bacteria，PSB）處理淀粉廢水，有機污染物去除率高，且投資省，占地少，菌體污泥是對人畜無害、富含營養的蛋白飼料。因此，PSB法是一種非常有前途的凈化高濃度有機廢水的處理技術。